La ciudad fue fundada el 12 de febrero de 1853 por Vicente Pérez Rosales. La ubicación original de la ciudad se encontraba junto a la rivera del seno de Reloncaví, en un sector llamado "Melipulli" (que en lengua mapudungun significa "Cuatro Colinas"); su nombre actual fue dado en honor al mandatario de la época, don Manuel Montt Torres. Los pobladores que habitaban esta zona se dedicaban principalmente a la explotación de Alerce. En 1852 llegaron los primeros colonos alemanes, iniciadores del proceso de colonización austral. Un aventurero, un soldado, un marino, un cura y un colono alemán tomaron la iniciativa de fundar, en las márgenes de la bahía de Melipulli, un pueblo con el nombre del Jefe de Estado, estos visionaros hombres fueron el propio Vicente Pérez Rosales, El Gobernador de Chiloé Comandante José Ramírez, El Capitán de Fragata Buenaventura Martínez, el párroco de Chiloé Miguel Sevilla y el alemán Santiago Foltz Weisbeck, propusieron fundar a las orillas del mar, el puerto que tanto necesitaban los inmigrantes germanos, sin esperar siquiera la anuencia del Presidente y su Ministro de Interior. La causa urgía porque el verano terminaría pronto y era necesario disponer la autoridad que se haría cargo del gobierno de la zona a germanizar. En el extremo norte del espacio destinado a plaza, donde se había levantado una capilla provisoria, adornada con banderas, se dio inicio a una Misa Solemne, oficiada por el cura Sevilla, acompañado de dos clérigos teutones y un coro de alemanes que lucían sus mejores trajes y cantaban el himno imperial prusiano "Hier Liegt von Deiner Majestät" (Aquí estoy ante Vuestra Majestad), puesto que desconocían el Himno Nacional Chileno y no dominaban siquiera el idioma español. Después de la misa, el Intendente leyó el acta que daba por fundada la ciudad, documento que depositó en un tubo y fue enterrado junto con la piedra fundación del templo, mientras se hacían salvas de artillería desde el fortín. Sólo cinco meses después, cuando los hechos ya estaban consumados, al presidente Montt y a su ministro Varas no les quedó otra alternativa que reconocer lo actuado, y dictaron, el 27 de julio de ese año 1853, el decreto que reconocía oficialmente la ciudad fundada de facto por el aventurero, el marino, el cura, el gobernador y el gringo, que actuaron por iniciativa propia en las lejanas selvas de Melipulli.
En 1912 se construye el ferrocarril que une a la ciudad con el resto del país.

La comuna fue creada en 1861 como capital del Territorio de Colonización de Llanquihue, que luego pasó a ser la Provincia de Llanquihue. Al crearse la Región de Los Lagos en 1975, integrando las antiguas provincias de Valdivia, Osorno, Llanquihue, Chiloé y Palena Puerto Montt se convirtió en capital regional.

La comuna ha experimentado un gran auge económico ligado al fuerte desarrollo de la industria de la acuicultura y del salmón, actividad que ha convertido a Chile en uno de los principales productores mundiales de esta especie. La economía regional se destaca también por la producción agrícola, ganadera, maderera y por el desarrollo creciente de la industria del turismo y del ecoturismo.